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Les proliférations de cyanobactéries toxiques constituent une menace majeure pour l’environnement et plus particulièrement pour la santé des écosystèmes aquatiques. La production de toxines très puissantes peut en effet entraîner la destruction d’écosystèmes aquatiques entiers. De plus, les événements de prolifération incontrôlée sont à la hausse et, une fois établis, ces événements répétitifs deviennent extrêmement courants. Cependant, nous manquons encore de connaissances de base pour prévoir, signaler et prévenir avec précision les efflorescences toxiques. Ceci est particulièrement inquiétant dans le cas des cyanobactéries qui utilisent le fond des écosystèmes aquatiques pour leur développement. Pour ces cyanobactéries, les méthodes spécifiques de suivi des efflorescences ainsi qu’une meilleure compréhension de leur biologie font encore largement défaut. En utilisant comme étude de cas le lac de Neuchâtel, nous combinons la surveillance sur le terrain et les investigations expérimentales, pour générer un cadre qui se traduira par une meilleure surveillance, gestion et remédiation des efflorescences toxiques.